Dans son excellent ouvrage :

Les jouets en bois (M. BURCKHARDT)

 Mme BURCKHARDT  en parlant des toupies "à fouet" signale page 76 :

Elle est appelée communément "sabot", par ce que taillée autrefois dans les talons des sabots usagés

Dans son ouvrage "Histoire du jouet" Yvan LACROIX p 186 reprend la même explication, prise certainement dans l'ouvrage précédent puisqu'il en fait référence dans ce même article sur les toupies.

Je ne sais comment étaient les sabots usagés autrefois, mais il est impensable de tirer une toupie du talon de celui-ci qui ne doit pas être très différent des sabots de bois d'autrefois.

 Par compte cette photo montre que l'on peut fort bien tourner une toupie dans la chute de bois qui suit la pointe du sabot.

Les sabotiers d'antan ne devaient pas utiliser ces machines, mais peut-être resservaient-ils (c'est une supposition) un tenon semblable pour mieux tenir le sabot. Ce qui expliquerait alors bien  l'appellation de la toupie.